Por supuesto que afectan las proporciones de la cabeza a las comparaciones, pues en persona juzgamos las alturas por los ojos y nos comparamos con los ojos de los demás, y en fotos también lo solemos hacer (yo por lo menos) para evitar que despiste el pelo.
Pero lógicamente si la distancia de ojos al tope de la cabeza de las dos personas son diferentes la diferencia real de alturas puede ser diferente de la diferencia entre las alturas de sus ojos.